Das Zoologische Museum in Kiel war eines der ersten Museen des 19. Jahrhunderts in Deutschland, das naturwissenschaftliche Forschungsgeschichte mit einem pädagogischen Konzept darstellte. Grundlage dafür waren die Ideen von Karl Möbius, der bereits das Gebäude auch nach pädagogischen Gesichtspunkten konzipierte. Dadurch unterschied sich das Museum von Anfang an vom althergebrachten Wunderkammerprinzip oder den Präsentationen kolonialer Sehenswürdigkeiten. In der internationalen Wissenschaftsgeschichte nennt man das Zoologische Museum in Kiel: "Where biology takes form",  "Dort, wo die Biologie Formen annahm".

Zusätzlich besitzt das Haus einmalige Sammlungen historischer Expeditionen aus drei Jahrhunderten. Diese sind bis heute international von großer wissenschaftlicher Bedeutung.

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